요약
○ 사실관계
-당 해운기업에 대한 조세특례제한법 제104조의10에 의거 법인세과세표준 계산특례에 따라 해운소득과 비해운소득을 구분경리하고 해운소득에 대하여는 톤세를 적용받고 있는 기업임
-국제적인 해운시장의 불황으로 기업회생절차에 따라 법정관리 개시결정을 받았고, 해운소득에 해당하는 외항용선료 미지급금 및 외항관련 상사채무에 대한 채무면제이익이 발생하였음
-비해운소득에 해당하는 일반 금융채무나 내항 부채에 대한 채무면제 이익은 당연히 비해운소득으로 보는 데 이의가 없으나 당초 해운소득으로 분류된 채무에 대한 면제이익이 발생할 경우 소득구분에 대하여 질의함


○ 질의내용
-조세특례제한법 제104조의10 규정에 의거 법인세 과세표준 계산특례에 따라톤세를 적용받는 해운기업으로서 법정관리로 법원파산부의 결정에 따라 해운소득에 대하여 채무면제이익이 발생한 경우 해운소득 또는 비해운소득으로 보아야 하는지 여부(단, 채무면제이익중 당초 비해운소득에 해당하는 일반 금융채무나 내항활동관련 채무에대한 면제이익에 대하여는 비해운소득으로 보는 데 이의 없으므로 질의 채무는 100% 해운소득에서 발생한 경우만 질의함)
　 · 해운소득이다　 · 비해운소득이다


2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제104조 의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】
① 내국법인중 「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 해운기업 이라 한다)의 법인세 과세표준은 2014년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다. <개정 2006.12.30, 2009.5.21>
1. 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득(이하 이 조에서 해운소득 이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 불구하고 선박별로 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 선박표준이익 이라 한다)
개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 1톤당 1운항일이익 × 운항일수 × 사용률
2. 해운소득외의 소득(이하 이 조에서 비해운소득 이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 금액
② 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 과세표준계산특례 라 한다)를 적용받고자 하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도(이하 과세표준계산특례적용기간 이라 한다)동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2010년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다. <개정 2009.5.21>
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 통산하지 아니하며, 해운소득에 대하여는 이 법, 국세기본법 및 조약과 제3조제1항 각호에 규정된 법률에 의한 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.
④ 해운소득에 법인세법 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 기납부세액으로 공제하지 아니한다.
⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각호의 금액 계산시 공제하지 아니한다.
⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간동안 제1항의 규정에 의한 요건을 2사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 당해 과세표준계산특례적용기간의 잔여기간과 다음 5사업연도기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다. <개정 2005.12.31>
⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 법인세법 제63조제4항의 규정에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 금액으로 하고, 동법 제63조제4항제1호 및 제2호의 규정은 비해운소득과 관련된 부분에 한하여 이를 적용한다.
⑧ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 1톤당 1운항일이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부실적 및 외국의 운영사례 등을 감안하여 선박의 1톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령으로 정한다.
⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 법인세법을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


○ 조세특례제한법 시행령 제104조 의7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 <개정 2009.2.4>】
① 법 제104조의10제1항 각 호 외의 부분에서 「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 해운기업 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 기업으로서 해당 기업이 2년 미만의 기간으로 용선(다른 해운기업이 기획재정부령으로 정하는 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 외국선박(국적취득조건부 나용선을 제외한다)의 연간운항순톤수(선박의 순톤수에 연간운항일수와 사용률을 곱하여 계산한 톤수를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 합계가 해당 기업이 소유한 선박 등 기획재정부령으로 정하는 기준선박의 연간운항순톤수의 합계의 5배를 초과하지 아니하는 기업을 말한다. <개정 2006.2.9, 2007.11.30, 2008.2.29, 2009.2.4>
1. 「해운법」 제3조에 따른 외항정기여객운송사업 또는 외항부정기여객운송사업
2. 「해운법」 제23조에 따른 외항정기화물운송사업 또는 외항부정기화물운송사업. 다만, 수산물운송사업을 제외한다.
② 법 제104조의10제1항제1호에서 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득 이란 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조에서 해운소득 이라 한다)을 말한다. <개정 2008.2.29, 2009.2.4>
1. 외항해상운송활동(외항해상운송에 사용하기 위한 「해운법」 제2조제4호에 따른 용대선(용대선)을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)
2. 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동
가. 화물의 유치ㆍ선적ㆍ하역ㆍ유지 및 관리와 관련된 활동
나. 외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 기획재정부령이 정하는 활동
다. 직원의 모집ㆍ교육 및 훈련과 관련된 활동
라. 선박의 취득ㆍ유지ㆍ관리 및 폐기와 관련된 활동
마. 선박의 매각. 다만, 법 제104조의10제1항에 따른 해운기업의 과세표준계산의 특례(이하 이 조에서 과세표준계산특례 라고 한다)의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하는 경우에는 그 매각손익에 해당 선박의 총 소유기간 중 과세표준계산특례가 적용되기 전의 기간이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액(이하 이 목에서 특례적용전 기간분 이라 한다)은 비해운소득으로 하되, 그 매각대금으로 해당 선박의 매각일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 특례적용전 기간분에 해당 선박의 매각대금 중 새로운 선박의 취득에 사용된 매각대금이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액만 비해운소득으로 한다.
바. 단일운송계약에 의한 기획재정부령이 정하는 복합운송활동
사. 가목 내지 바목과 유사한 활동으로 기획재정부령이 정하는 활동
3. 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 소득
가. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 「소득세법」 제16조의 이자소득, 동법 제17조제1항제5호의 투자신탁수익의 분배금(이하 이 조에서 이자소득등 이라 한다) 및 지급이자. 다만, 기업회계기준에 의한 투자자산에서 발생하는 이자소득등과 그 밖에 기획재정부령이 정하는 이자소득등을 제외한다.
나. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 기업회계기준에 의한 화폐성 외화자산 및 부채를 평가함에 따라 발생하는 원화평가금액과 원화기장액의 차익 또는 차손
다. 외항해상운송활동과 관련하여 상환받거나 상환하는 외화채권ㆍ채무의 원화금액과 원화기장액의 차익 또는 차손
라. 외항해상운송활동과 관련하여 발생하는 차입금에 대한 이자율 변동, 통화의 환율 변동, 운임의 변동, 선박 연료유 등 해운관련 주요 원자재 가격변동의 위험을 회피하기 위하여 체결한 기업회계기준에 의한 파생상품거래로 인한 손익
③ 제1항 및 법 제104조의10제1항제1호에서 선박 , 순톤수 , 운항일수 또는 사용률 은 다음 각 호에 따른다. <신설 2009.2.4>
1. 선박: 과세표준계산특례를 적용받는 기업(이하 이 조에서 특례적용기업 이라 한다)이 소유하거나 용선한 선박
2. 순톤수: 「선박법」 제3조제1항제3호에 따른 순톤수
3. 운항일수: 다음 각 목의 어느 하나의 기간에 속하는 일수. 다만, 정비ㆍ개량ㆍ보수 그 밖의 불가피한 사유로 30일 이상 연속하여 선박을 운항하지 아니한 경우 그 기간은 제외한다.
가. 특례적용기업이 소유한 선박의 경우에는 소유기간
나. 특례적용기업이 용선한 선박의 경우에는 용선기간
4. 사용률 : 다음 각 목의 어느 하나의 비율
가. 특례적용기업이 소유한 선박의 경우에는 100퍼센트
나. 특례적용기업이 용선한 선박의 경우에는 용선계약에 의한 용선비율
다. 가목 및 나목에도 불구하고 특례적용기업이 제1항에 따른 공동운항에 투입한 선박의 경우에는 공동운항비율
④ 법 제104조의10제8항에서 1톤당 1운항일이익 은 다음과 같다.
개별선박의 순톤수 1톤당 1운항일이익
1,000톤 이하분 14원
1,000톤 초과 10,000톤 이하분 11원
10,000톤 초과 25,000톤 이하분 7원
25,000톤 초과분 4원

⑤ 과세표준계산특례를 적용받으려는 법인은 과세표준계산특례를 적용받으려는 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 적용신청서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.2.4>
⑥ 특례적용기업은 법 제104조의10제2항에 따른 과세표준계산특례적용기간(이하 이 조에서 특례적용기간 이라 한다)에 속하는 사업연도(제5항에 따라 제출된 국토해양부장관의 확인서에 의하여 요건의 충족을 확인할 수 있는 사업연도는 제외한다)의 과세표준을 신고하는 때에 기획재정부령이 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 요건명세서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.2.4>
⑦ 특례적용기업은 특례적용기간이 종료되거나 제1항에 따른 요건을 위반함으로써 과세표준계산특례를 적용받지 못하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 「법인세법」을 적용받은 것으로 보고 각 사업연도의 소득을 계산한다. <신설 2009.2.4>
⑧ 특례적용기업은 해운소득과 비해운소득을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하고, 해운소득과 비해운소득에 공통되는 익금과 손금은 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 안분하여 계산한다. <신설 2009.2.4>


나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-1489, 2007.08.10
[ 요 지 ]
　해운기업이 법인세과세표준 계산의 특례 적용(2005.1.1.)이전부터 소유하고 있던 선박이 침몰한 경우에, 당해 선박에 대한 보험차손익은 과세표준계산특례의 적용기간과 「법인세법」의 적용기간별로 안분하여 그 비율에 따라 각각 해운소득과 비해운소득으로 하는 것이며, 이때 과세표준계산특례의 적용기간 종료일은 선박침몰시까지로 하는 것임.
[ 회 신 ]
　귀 질의의 경우, 「조세특례제한법」 제104조의 10 제1항의 규정에 의한 해운기업이 법인세과세표준 계산의 특례 적용(2005.1.1.)이전부터 소유하고 있던 선박이 침몰한 경우에, 당해 선박에 대한 보험차손익은 같은 법 시행령 제104조의 7 제2항 제2호 마목의 규정에 의하여 과세표준계산특례의 적용기간과 「법인세법」의 적용기간별로 안분하여 그 비율에 따라 각각 해운소득과 비해운소득으로 하는 것이며, 이때 과세표준계산특례의 적용기간 종료일은 선박침몰시까지로 하는 것입니다.


○ 서면2팀-189, 2008.01.29
[ 제 목 ]
　톤세 적용시 지정기부금 한도액 계산 등
[ 요 지 ]
　비해운소득의 과세표준을 계산함에 있어 법인세법 제24조의 지정기부금 한도액 계산시 적용하는 기준소득금액의 계산방법, ’03.1.1?’04.6.30 취득 선박의 조세특례제한법 제30조(감가상각비 손금 산입 특례) 적용자산의 감가상각비(신고조정 손금산입),보험차익 상당의 감가상각비를 신고조정(일시상각충당금)
[ 회 신 ]
　해운소득에 대해 세무조정과 세액공제를 적용할 수 없고, 독립회계로 구분경리한 비해운소득부문을 1개 법인으로 보아 한도액 등을 계산하고,
　조세특례제한법시행령 제104조의 7 제2항 제2호 마목의 규정에 따라 감가상각비를 과세표준계산특례의 적용기간과 적용되지 않는 기간별로 안분하여 각각 해운소득과 비해운소득으로 하여 그 비해운소득에 대하여만 조세특례제한법 제30조(감가상각비 손금산입 특례) 규정을 적용하며, 톤세 적용기간 이전에 법인세 계산상 유보로 처분되어 자본금과 적립금명세서(을) 유보잔액을 톤세적용기간에 익금손금으로 세무조정할 사유가 발생한 경우 비해운소득부문 해당액에 대해서만 세무조정 하되, 해운소득과 비해운소득부문을 구분할 수 없을 때에는 법인세법시행규칙 제76조 제6항에 따라 안분계산하는 것입니다.
[ 제 목 ]
보험차익에 대한 일시상각충당금 환입액의 비해운소득 해당 여부

[ 요 지 ]
해운기업의 과세특례를 적용받기 전에 발생한 보험차익에 대하여 일시상각충당금을 설정하고 그후 기 설정된 일시상각충당금을 특례적용 기간중에 환입하는 경우 비해운소득에 해당함

[ 회 신 ]

내국법인이 조세특례제한법 제104조의10에 의한 해운기업의 과세표준계산 특례를 적용받기 전에 발생한 보험차익에 대하여 일시상각충당금을 설정하고 그후 기 설정된 일시상각충당금을 특례적용 기간중에 환입하는 경우 동 환입액은 비해운소득에 해당하는 것입니다.


[ 관련법령 ]조세특례제한법 제104조 의10





[ 관련 첨부서류 ]


1. 질의내용 요약
○ 사실관계
-당 해운기업에 대한 조세특례제한법 제104조의10에 의거 법인세과세표준 계산특례에 따라 해운소득과 비해운소득을 구분경리하고 해운소득에 대하여는 톤세를 적용받고 있는 기업임
-국제적인 해운시장의 불황으로 기업회생절차에 따라 법정관리 개시결정을 받았고, 해운소득에 해당하는 외항용선료 미지급금 및 외항관련 상사채무에 대한 채무면제이익이 발생하였음
-비해운소득에 해당하는 일반 금융채무나 내항 부채에 대한 채무면제 이익은 당연히 비해운소득으로 보는 데 이의가 없으나 당초 해운소득으로 분류된 채무에 대한 면제이익이 발생할 경우 소득구분에 대하여 질의함


○ 질의내용
-조세특례제한법 제104조의10 규정에 의거 법인세 과세표준 계산특례에 따라톤세를 적용받는 해운기업으로서 법정관리로 법원파산부의 결정에 따라 해운소득에 대하여 채무면제이익이 발생한 경우 해운소득 또는 비해운소득으로 보아야 하는지 여부(단, 채무면제이익중 당초 비해운소득에 해당하는 일반 금융채무나 내항활동관련 채무에대한 면제이익에 대하여는 비해운소득으로 보는 데 이의 없으므로 질의 채무는 100% 해운소득에서 발생한 경우만 질의함)
　 · 해운소득이다　 · 비해운소득이다


2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제104조 의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】
① 내국법인중 「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 해운기업 이라 한다)의 법인세 과세표준은 2014년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다. <개정 2006.12.30, 2009.5.21>
1. 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득(이하 이 조에서 해운소득 이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 불구하고 선박별로 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 선박표준이익 이라 한다)
개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 1톤당 1운항일이익 × 운항일수 × 사용률
2. 해운소득외의 소득(이하 이 조에서 비해운소득 이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 금액
② 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 과세표준계산특례 라 한다)를 적용받고자 하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도(이하 과세표준계산특례적용기간 이라 한다)동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2010년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다. <개정 2009.5.21>
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 통산하지 아니하며, 해운소득에 대하여는 이 법, 국세기본법 및 조약과 제3조제1항 각호에 규정된 법률에 의한 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.
④ 해운소득에 법인세법 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 기납부세액으로 공제하지 아니한다.
⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각호의 금액 계산시 공제하지 아니한다.
⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간동안 제1항의 규정에 의한 요건을 2사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 당해 과세표준계산특례적용기간의 잔여기간과 다음 5사업연도기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다. <개정 2005.12.31>
⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 법인세법 제63조제4항의 규정에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 금액으로 하고, 동법 제63조제4항제1호 및 제2호의 규정은 비해운소득과 관련된 부분에 한하여 이를 적용한다.
⑧ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 1톤당 1운항일이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부실적 및 외국의 운영사례 등을 감안하여 선박의 1톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령으로 정한다.
⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 법인세법을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.


○ 조세특례제한법 시행령 제104조 의7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 <개정 2009.2.4>】
① 법 제104조의10제1항 각 호 외의 부분에서 「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 해운기업 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 기업으로서 해당 기업이 2년 미만의 기간으로 용선(다른 해운기업이 기획재정부령으로 정하는 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 외국선박(국적취득조건부 나용선을 제외한다)의 연간운항순톤수(선박의 순톤수에 연간운항일수와 사용률을 곱하여 계산한 톤수를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 합계가 해당 기업이 소유한 선박 등 기획재정부령으로 정하는 기준선박의 연간운항순톤수의 합계의 5배를 초과하지 아니하는 기업을 말한다. <개정 2006.2.9, 2007.11.30, 2008.2.29, 2009.2.4>
1. 「해운법」 제3조에 따른 외항정기여객운송사업 또는 외항부정기여객운송사업
2. 「해운법」 제23조에 따른 외항정기화물운송사업 또는 외항부정기화물운송사업. 다만, 수산물운송사업을 제외한다.
② 법 제104조의10제1항제1호에서 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득 이란 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조에서 해운소득 이라 한다)을 말한다. <개정 2008.2.29, 2009.2.4>
1. 외항해상운송활동(외항해상운송에 사용하기 위한 「해운법」 제2조제4호에 따른 용대선(용대선)을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)
2. 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동
가. 화물의 유치ㆍ선적ㆍ하역ㆍ유지 및 관리와 관련된 활동
나. 외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 기획재정부령이 정하는 활동
다. 직원의 모집ㆍ교육 및 훈련과 관련된 활동
라. 선박의 취득ㆍ유지ㆍ관리 및 폐기와 관련된 활동
마. 선박의 매각. 다만, 법 제104조의10제1항에 따른 해운기업의 과세표준계산의 특례(이하 이 조에서 과세표준계산특례 라고 한다)의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하는 경우에는 그 매각손익에 해당 선박의 총 소유기간 중 과세표준계산특례가 적용되기 전의 기간이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액(이하 이 목에서 특례적용전 기간분 이라 한다)은 비해운소득으로 하되, 그 매각대금으로 해당 선박의 매각일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 특례적용전 기간분에 해당 선박의 매각대금 중 새로운 선박의 취득에 사용된 매각대금이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액만 비해운소득으로 한다.
바. 단일운송계약에 의한 기획재정부령이 정하는 복합운송활동
사. 가목 내지 바목과 유사한 활동으로 기획재정부령이 정하는 활동
3. 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 소득
가. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 「소득세법」 제16조의 이자소득, 동법 제17조제1항제5호의 투자신탁수익의 분배금(이하 이 조에서 이자소득등 이라 한다) 및 지급이자. 다만, 기업회계기준에 의한 투자자산에서 발생하는 이자소득등과 그 밖에 기획재정부령이 정하는 이자소득등을 제외한다.
나. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 기업회계기준에 의한 화폐성 외화자산 및 부채를 평가함에 따라 발생하는 원화평가금액과 원화기장액의 차익 또는 차손
다. 외항해상운송활동과 관련하여 상환받거나 상환하는 외화채권ㆍ채무의 원화금액과 원화기장액의 차익 또는 차손
라. 외항해상운송활동과 관련하여 발생하는 차입금에 대한 이자율 변동, 통화의 환율 변동, 운임의 변동, 선박 연료유 등 해운관련 주요 원자재 가격변동의 위험을 회피하기 위하여 체결한 기업회계기준에 의한 파생상품거래로 인한 손익
③ 제1항 및 법 제104조의10제1항제1호에서 선박 , 순톤수 , 운항일수 또는 사용률 은 다음 각 호에 따른다. <신설 2009.2.4>
1. 선박: 과세표준계산특례를 적용받는 기업(이하 이 조에서 특례적용기업 이라 한다)이 소유하거나 용선한 선박
2. 순톤수: 「선박법」 제3조제1항제3호에 따른 순톤수
3. 운항일수: 다음 각 목의 어느 하나의 기간에 속하는 일수. 다만, 정비ㆍ개량ㆍ보수 그 밖의 불가피한 사유로 30일 이상 연속하여 선박을 운항하지 아니한 경우 그 기간은 제외한다.
가. 특례적용기업이 소유한 선박의 경우에는 소유기간
나. 특례적용기업이 용선한 선박의 경우에는 용선기간
4. 사용률 : 다음 각 목의 어느 하나의 비율
가. 특례적용기업이 소유한 선박의 경우에는 100퍼센트
나. 특례적용기업이 용선한 선박의 경우에는 용선계약에 의한 용선비율
다. 가목 및 나목에도 불구하고 특례적용기업이 제1항에 따른 공동운항에 투입한 선박의 경우에는 공동운항비율
④ 법 제104조의10제8항에서 1톤당 1운항일이익 은 다음과 같다.
개별선박의 순톤수 1톤당 1운항일이익
1,000톤 이하분 14원
1,000톤 초과 10,000톤 이하분 11원
10,000톤 초과 25,000톤 이하분 7원
25,000톤 초과분 4원

⑤ 과세표준계산특례를 적용받으려는 법인은 과세표준계산특례를 적용받으려는 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 적용신청서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.2.4>
⑥ 특례적용기업은 법 제104조의10제2항에 따른 과세표준계산특례적용기간(이하 이 조에서 특례적용기간 이라 한다)에 속하는 사업연도(제5항에 따라 제출된 국토해양부장관의 확인서에 의하여 요건의 충족을 확인할 수 있는 사업연도는 제외한다)의 과세표준을 신고하는 때에 기획재정부령이 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 요건명세서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.2.4>
⑦ 특례적용기업은 특례적용기간이 종료되거나 제1항에 따른 요건을 위반함으로써 과세표준계산특례를 적용받지 못하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 「법인세법」을 적용받은 것으로 보고 각 사업연도의 소득을 계산한다. <신설 2009.2.4>
⑧ 특례적용기업은 해운소득과 비해운소득을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하고, 해운소득과 비해운소득에 공통되는 익금과 손금은 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 안분하여 계산한다. <신설 2009.2.4>


나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-1489, 2007.08.10
[ 요 지 ]
　해운기업이 법인세과세표준 계산의 특례 적용(2005.1.1.)이전부터 소유하고 있던 선박이 침몰한 경우에, 당해 선박에 대한 보험차손익은 과세표준계산특례의 적용기간과 「법인세법」의 적용기간별로 안분하여 그 비율에 따라 각각 해운소득과 비해운소득으로 하는 것이며, 이때 과세표준계산특례의 적용기간 종료일은 선박침몰시까지로 하는 것임.
[ 회 신 ]
　귀 질의의 경우, 「조세특례제한법」 제104조의 10 제1항의 규정에 의한 해운기업이 법인세과세표준 계산의 특례 적용(2005.1.1.)이전부터 소유하고 있던 선박이 침몰한 경우에, 당해 선박에 대한 보험차손익은 같은 법 시행령 제104조의 7 제2항 제2호 마목의 규정에 의하여 과세표준계산특례의 적용기간과 「법인세법」의 적용기간별로 안분하여 그 비율에 따라 각각 해운소득과 비해운소득으로 하는 것이며, 이때 과세표준계산특례의 적용기간 종료일은 선박침몰시까지로 하는 것입니다.


○ 서면2팀-189, 2008.01.29
[ 제 목 ]
　톤세 적용시 지정기부금 한도액 계산 등
[ 요 지 ]
　비해운소득의 과세표준을 계산함에 있어 법인세법 제24조의 지정기부금 한도액 계산시 적용하는 기준소득금액의 계산방법, ’03.1.1?’04.6.30 취득 선박의 조세특례제한법 제30조(감가상각비 손금 산입 특례) 적용자산의 감가상각비(신고조정 손금산입),보험차익 상당의 감가상각비를 신고조정(일시상각충당금)
[ 회 신 ]
　해운소득에 대해 세무조정과 세액공제를 적용할 수 없고, 독립회계로 구분경리한 비해운소득부문을 1개 법인으로 보아 한도액 등을 계산하고,
　조세특례제한법시행령 제104조의 7 제2항 제2호 마목의 규정에 따라 감가상각비를 과세표준계산특례의 적용기간과 적용되지 않는 기간별로 안분하여 각각 해운소득과 비해운소득으로 하여 그 비해운소득에 대하여만 조세특례제한법 제30조(감가상각비 손금산입 특례) 규정을 적용하며, 톤세 적용기간 이전에 법인세 계산상 유보로 처분되어 자본금과 적립금명세서(을) 유보잔액을 톤세적용기간에 익금손금으로 세무조정할 사유가 발생한 경우 비해운소득부문 해당액에 대해서만 세무조정 하되, 해운소득과 비해운소득부문을 구분할 수 없을 때에는 법인세법시행규칙 제76조 제6항에 따라 안분계산하는 것입니다.

내국법인이 조세특례제한법 제104조의10에 의한 해운기업의 과세표준계산 특례를 적용받기 전에 발생한 보험차익에 대하여 일시상각충당금을 설정하고 그후 기 설정된 일시상각충당금을 특례적용 기간중에 환입하는 경우 동 환입액은 비해운소득에 해당하는 것입니다.


[ 관련법령 ]조세특례제한법 제104조 의10





[ 관련 첨부서류 ]