사용자가 근로기준법상 탄력적근로시간제가 도입된 '97.3.13 이전부터 현재까지 사실상 취업규칙의 규정없이 특정주에 48시간, 그 다음주에 40시간을 근무하는 토요격주휴무제(2주단위 탄력적근로시간제)를 실시해 오면서 근로자들로부터 아무런 이의를 제기받지 않은 경우 특정주에 44시간을 초과하여 48시간을 근무하는 초과근로에 대하여 근로기준법 제55조 소정의 연장근로수당을 지급해야 하는지 여부
<갑설> : 근로기준법의 시행 전후를 불문하고 토요격주휴무제에 관하여 근로자들로부터 이의제기 없이 사실상 장기간 토요격주휴무제가 실시되고 있었던 점을 감안하면 근로자들이 이를 묵시적으로 동의한 것으로 볼 수 있고, 사용자가 이를 사실상 실시하는 것은 곧 사업장에서의 근로조건의 기준을 획일적으로 정하는 것으로 취업규칙 또는 취업규칙에 준하는 것에 해당할 수 있기 때문에 사용자가 토요격주휴무제에 관한 명시적인 취업규칙을 정하지 않았다고 하더라도 근로기준법 제50조 제1항 소정의 2주단위 탄력적근로시간제에 해당하여 연장근로수당을 지급하지 않아도 된다는 견해
<을설> : 근로기준법 제50조 제1항은 2주단위 탄력적근로시간제의 실시요건으로서 취업규칙에 규정할 것을 요구하고 있고, 사실상 토요격주휴무제를 실시하고 근로자들로부터 토요격주휴무제에 관한 이의제기를 받지 않았다고 하더라도 이를 취업규칙 또는 취업규칙에 준하는 것으로 볼 수 없으므로 초과근로에 대하여 연장근로수당을 지급해야 한다는 견해

근로기준법 제50조 제1항에 의하면 2주간 이내의 탄력적근로시간제는 취업규칙 또는 취업규칙에 준하는 것에서 해당규정을 두고 있는 경우에만 시행할 수 있음.
취업규칙 작성의무가 있는 상시 10인 이상의 근로자를 사용하는 사용자의 경우에는 취업규칙에서 이를 정하여야 하고 취업규칙의 작성의무가 없는 사용자의 경우에는 취업규칙에 준하는 것(예 : 사규, 실질적으로는 취업규칙에 해당)에서 정하더라고 무방함.
귀 질의의 경우처럼 취업규칙 또는 이에 준하는 것에서 2주단위 탄력적근로시간제를 명시적으로 도입하지 않은 상태에서 토요격주휴무제(1주는 40시간, 1주는 48시간)를 시행하고 있다면 이는 근로기준법상 탄력적근로시간제를 도입하였다고 볼 수 없음.
따라서 근로기준법상의 탄력적근로시간제를 도입하지 않은 상태에서 근로자가 특정주에 48시간을 근로하였다면 주 44시간을 초과한 4시간분에 대한 연장근로수당을 지급함이 타당하다고 사료됨.