요약
가. 사실관계
○ 비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 매입세액을 국세청의 기존 견해에 따라 불공제하였으나 판례 등 기존해석이 변경됨 따라 부가가치세 환급 경정청구함.
○ 이와 관련하여 부가가치세 매입세액에 상당하는 금액이 아래와 같이 손금불산입되어 2006년 및 2007년도 법인세의 각사업년도소득금액이 증가됨
- 당초)　 차변) 차량유지비 등　 220원(손금산입)　 / 대변) 현금 220원
　 변경)　 차변) 차량유지비 등　 200원(손금산입)　 / 대변) 현금 220원
　　　　　　　　　VAT 매입세액　 20원(손금불산입)
나. 질의내용
비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 기존 해석이 공제가능한 것으로 변경됨에 따라 법인세의 각사업연도소득금액이 증가하여 수정신고하는 경우에 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되는 지
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙)
　○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면한다. 다만, 제1호의 경우에 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 50, 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 20, 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 10에 상당하는 금액을 감면한다.
1. 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 제45조에 따라 수정신고를 한 경우(제47조의3ㆍ제47조의4 및 「부가가치세법」 제22조제7항에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 제외한다)
2. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당한다)
3. 제81조의15에 따른 과세전적부심사 결정ㆍ통지기간 이내에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정ㆍ통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는 제47조의5에 따른 가산세만 해당한다)
4. 세법에 따른 제출, 신고, 가입, 등록, 개설(이하 이 호에서 제출등 이라 한다)의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당 세법에 따른 제출등의 의무를 이행하는 경우(제출등의 의무위반에 대하여 세법에 따라 부과되는 가산세만 해당한다)
③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.
　○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차(임차) 및 유지에 관한 매입세액 (2007.12.31. 개정)
　○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】(법률 제8142호, 2006.12.30)
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액
　○ 부가가치세법 기본통칙 17-60-1【 소형승용자동차의 구입·유지에 따른 매입세액 불공제 범위 】
③ 소형승용자동차의 임차비용의 매입세액 : 사업자가 타인소유의 소형승용자동차를임차하여 비영업용으로 사용하고 지불한 대가 및 당해 소형승용자동차의 유지에 대한 매입세액은 공제하지 아니한다.(1998.08.01 개정)


나. 유사사례(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 기획재정부 부가가치세제과-704, 2009.10.22
부가가치세법 개정법령(법률 제8826호, 2007.12.31.) 시행 이전에 발생한 비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 매입세액은 매출세액에서 공제 가능함
※ 참고 : 대법원 2006두10559, (2006.8.25.)에 의거 해석변경
⇒ 2007. 12. 31. 이전까지 공급받은 분에 한하여 공제
○ 법규과-647, 2009.12.16
조세특례제한법 의 세액공제와 세액감면을 적용함에 있어서 납세자가 기존의 해석에따라 납세자가 세액공제와 세액감면을 동시 적용받았으나 과세관청이 새로운 해석에따라 동시 적용받은 세액을 경정하는 경우, 국세기본법」제47조의5에 따른 납부불성실가산세는 같은 법 제48조제1항에 따라 기존의 해석일 다음날부터 새로운 해석일 전일까지의 기간은 적용하지 않는 것입니다.
○ 서면1팀-1410, 2007.10.12
귀 질의의 경우, 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는「국세기본법」제48조 제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 바,
이때의 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것으로 이에 해당되는지 여부는 개별적 사안에 따라 판단하는 것입니다.
○ 대법원2006두10559, 2006.08.25
관련법령에서 비영업용소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액은 일률적으로 매입세액 불공제 대상으로 규정한 바, 여기서 ‘유지’에는 구입한 자동차에 대한 수리비 등을 말하므로 ‘임차’도 유지에 포함된다고 해석할 수 없다 따라서 소형승용자동차의 임차 비용은 매입세액 공제가 가능함
○ 국심2009전2880, 2009.10.30,
(3) 비영업용 소형승용자동차에 대한 매입세액 불공제 제도와 관련하여는 1976.12.22“법” 제정 당시부터 계속하여 같은 법 제17조 제2항 제3호의 규정에 의하여 비영업용 소형승용자동차의 “구입”과 “유지”에 관한 매입세액을 매출세액에서불공제 하는 것으로 하였다가, 2007.12.31. “법” 개정으로 비영업용 소형승용자동차의 “구입”과 “유지”에 관한 매입세액은 물론, “임차”에 관한 매입세액도 불공제하는 것으로 하였으며, 동 법은 그 부칙에서 당해 규정에 대한 시행일에 대하여 2008.1.1. 이후 공급분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.
(4) 기획재정부가 2007.12.31. “법” 제17조 제2항 제3호를 개정하기까지의 과정을 살펴보면, 다음과 같다. 1976.12.22. 제정하여 2007.12.31.까지 시행하였던 “법” 제17조 제2항 제3호에서 “비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액은매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있어 과세당국과 납세의무자간에 소형승용자동차의 임차와 관련한 매입세액의 공제여부에 대한 소송이 제기되어 대법원 및 서울고등법원의 판결에서 “소형승용차의 임차와 관련한 매입세액은 그 구입과 유지에 관한 매입세액이 아니므로 공제하는 것이 타당하다”고 판시(대법원 2006두 10559, 2006.8.25/ 서울고등법원 2005누16507,2006.5.18.)하자, 기획재정부는 2007.12.31. 위 규정을 “비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제하니 아니한다”고 개정하면서 “그 간 비영업용 소형승용자동차의 임차비용에 대하여 「부가가치세법 기본통칙」17-60-1에 따라 매입세액을 불공제하였으나, 최근 법원의 판결과 법률 적용의 형평성 제고 및 세무행정의 혼란을 방지하기 위하여 법령의 개정을 통하여 기존의 매입세액을 불공제한다는 입장을 명확이 하고자 한다”고 그 개정이유를 밝히고 있다(기획재정부 2007년 간추린 개정세법 참조).는 것 외에는 동법 제17조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하며, 이러한 특별규정이 없이 그 공제를 부인할 수 없는 것인 바(대법원 2006.8.25. 선고 2006두10559 판결과 같은 뜻), “법” 개정이전의 비영업용 소형승용자동차의 임차비용은 매입세액 불공제 대상에서 제외함이 타당한 것으로 판단되므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.
○ 대법97누4661, 2000.09.29
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이며(대법원 1993.11.23. 선고, 93누15939 판결; 1997.5.16. 선고, 95누14602 판결; 1999.3.9. 선고, 98두2379 판결 등 참조) 단순한 법령의 부지나 오해 등은 그 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없으므로(대법원 1995.11.7. 선고, 95누92 판결 참조), 구상속세법(1993.12.31. 법률 제4662호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 소정의 가산세와 관련하여 달리 특별한 규정을 두고 있지 아니한 이상상속재산가액의 평가방법 등을 알지 못하여 상속재산가액을 과소신고하였다는 사정은 단순한 법령의 부지나 오해에 불과하여 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다(대법원 1994.8.26. 선고, 93누20467 판결; 1995.11.7. 선고, 95누92 판결; 1998.11.27. 선고, 96누16308 판결 등 참조). 그러나 단순한 법령의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑義)로 인한 견해의 대립이 생기는 등 특별한 사정이 있는 경우에도 납세의무자가 정부의 견해와 다른 견해를 취하였다 하여 가산세의 부과요건에 해당하게 된다고 본다면 납세의무자에게 너무 가혹하다 할 것이므로 예외적으로 정당한 사유가 인정될 수 있다 할 것이다(대법원 1992.10.23. 선고, 92누2936 92누2943 판결 참조).
○ 국심2004서1637, 2004.11.03
처분청이 세법적용의 판단착오에 의한 결정취소 후 재경정고지한 경우 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 과세한 처분은 부당하다는 사례
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만, 납세의무자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없을 것(대법원97누4661, 2000.9.29. 외 다수 같은뜻)인바, 이건 당초 처분을 취소하고 다시 결정고지하게 된 것이 처분청의 세법적용의 판단착오에 기인한 것으로 보이고, 처분청이 쟁점 분양권에 대한 양도소득세의 확정신고기한경과 전에 쟁점 분양권의 양도가 비과세대상이라는 이유로 직권취소하였다가 확정신고기한경과 후 재경정고지한 점과 처분청의 담당직원이 비과세결정사실을 청구인에게 유선통보하였던 사실이 인정되는 점 등으로 보아 청구인에게 이건 신고ㆍ납부의무를 해태한 데 대한 귀책사유가 있다고 보기 어려우므로 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세는 취소함이 타당하다고 판단된다.
○ 국심2002서3080, 2003.4.24.
국세청장은 법인이 손익의 귀속 사업연도 착오로 세액을 앞당겨 신고·납부함에 따라그 다음 사업연도에 과소신고된 경우 가산세를 적용하지 않는다는 취지의 예규(종전예규)를 1996년 이후 3차례에 걸쳐 반복하여 생산하였으므로, 청구법인이 이를 정당한 것으로 받아들여 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰할 수 있었다 할 것이고, 이러한 국세청장의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 어떠한 귀책사유가 있었다고 보기 어렵다 할 것이다. (중략)
따라서 처분청이 변경된 예규를 적용하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하면서과소신고가산세와 미납부가산세를 부과한 이 건 처분은 신의성실원칙·소급과세금지원칙을 위반한 잘못이 있다 하겠다.
[ 제 목 ]
법인세 수정신고시 가산세 감면의 정당한 사유 해당 여부

[ 요 지 ]
비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 매입세액에 대한 새로운 법령해석(기획재정부 부가가치세과-704, 2009.10.22)에 따라 부가가치세 매입세액을 공제하는 경정청구와 함께 당해 매입세액을 손금불산입하여 법인세를 수정신고하는 경우에는 「국세기본법」 제48조에 의거 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되는 것임

[ 회 신 ]
귀 질의의 경우, 비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 매입세액에 대한 새로운 법령해석(기획재정부 부가가치세과-704, 2009.10.22)에 따라 부가가치세 매입세액을 공제하는 경정청구와 함께 당해 매입세액을 손금불산입하여 법인세를 수정신고하는 경우에는 「국세기본법」 제48조에 의거 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되는 것입니다.



[ 관련법령 ]국세기본법 제48조【가산세 감면 등】





1. 질의내용 요약
가. 사실관계
○ 비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 매입세액을 국세청의 기존 견해에 따라 불공제하였으나 판례 등 기존해석이 변경됨 따라 부가가치세 환급 경정청구함.
○ 이와 관련하여 부가가치세 매입세액에 상당하는 금액이 아래와 같이 손금불산입되어 2006년 및 2007년도 법인세의 각사업년도소득금액이 증가됨
- 당초)　 차변) 차량유지비 등　 220원(손금산입)　 / 대변) 현금 220원
　 변경)　 차변) 차량유지비 등　 200원(손금산입)　 / 대변) 현금 220원
　　　　　　　　　VAT 매입세액　 20원(손금불산입)
나. 질의내용
비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 기존 해석이 공제가능한 것으로 변경됨에 따라 법인세의 각사업연도소득금액이 증가하여 수정신고하는 경우에 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되는 지
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙)
　○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면한다. 다만, 제1호의 경우에 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 50, 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 20, 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 10에 상당하는 금액을 감면한다.
1. 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 제45조에 따라 수정신고를 한 경우(제47조의3ㆍ제47조의4 및 「부가가치세법」 제22조제7항에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 제외한다)
2. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당한다)
3. 제81조의15에 따른 과세전적부심사 결정ㆍ통지기간 이내에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정ㆍ통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는 제47조의5에 따른 가산세만 해당한다)
4. 세법에 따른 제출, 신고, 가입, 등록, 개설(이하 이 호에서 제출등 이라 한다)의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당 세법에 따른 제출등의 의무를 이행하는 경우(제출등의 의무위반에 대하여 세법에 따라 부과되는 가산세만 해당한다)
③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.
　○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차(임차) 및 유지에 관한 매입세액 (2007.12.31. 개정)
　○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】(법률 제8142호, 2006.12.30)
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액
　○ 부가가치세법 기본통칙 17-60-1【 소형승용자동차의 구입·유지에 따른 매입세액 불공제 범위 】
③ 소형승용자동차의 임차비용의 매입세액 : 사업자가 타인소유의 소형승용자동차를임차하여 비영업용으로 사용하고 지불한 대가 및 당해 소형승용자동차의 유지에 대한 매입세액은 공제하지 아니한다.(1998.08.01 개정)


나. 유사사례(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 기획재정부 부가가치세제과-704, 2009.10.22
부가가치세법 개정법령(법률 제8826호, 2007.12.31.) 시행 이전에 발생한 비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 매입세액은 매출세액에서 공제 가능함
※ 참고 : 대법원 2006두10559, (2006.8.25.)에 의거 해석변경
⇒ 2007. 12. 31. 이전까지 공급받은 분에 한하여 공제
○ 법규과-647, 2009.12.16
조세특례제한법 의 세액공제와 세액감면을 적용함에 있어서 납세자가 기존의 해석에따라 납세자가 세액공제와 세액감면을 동시 적용받았으나 과세관청이 새로운 해석에따라 동시 적용받은 세액을 경정하는 경우, 국세기본법」제47조의5에 따른 납부불성실가산세는 같은 법 제48조제1항에 따라 기존의 해석일 다음날부터 새로운 해석일 전일까지의 기간은 적용하지 않는 것입니다.
○ 서면1팀-1410, 2007.10.12
귀 질의의 경우, 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는「국세기본법」제48조 제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 바,
이때의 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것으로 이에 해당되는지 여부는 개별적 사안에 따라 판단하는 것입니다.
○ 대법원2006두10559, 2006.08.25
관련법령에서 비영업용소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액은 일률적으로 매입세액 불공제 대상으로 규정한 바, 여기서 ‘유지’에는 구입한 자동차에 대한 수리비 등을 말하므로 ‘임차’도 유지에 포함된다고 해석할 수 없다 따라서 소형승용자동차의 임차 비용은 매입세액 공제가 가능함
○ 국심2009전2880, 2009.10.30,
(3) 비영업용 소형승용자동차에 대한 매입세액 불공제 제도와 관련하여는 1976.12.22“법” 제정 당시부터 계속하여 같은 법 제17조 제2항 제3호의 규정에 의하여 비영업용 소형승용자동차의 “구입”과 “유지”에 관한 매입세액을 매출세액에서불공제 하는 것으로 하였다가, 2007.12.31. “법” 개정으로 비영업용 소형승용자동차의 “구입”과 “유지”에 관한 매입세액은 물론, “임차”에 관한 매입세액도 불공제하는 것으로 하였으며, 동 법은 그 부칙에서 당해 규정에 대한 시행일에 대하여 2008.1.1. 이후 공급분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.
(4) 기획재정부가 2007.12.31. “법” 제17조 제2항 제3호를 개정하기까지의 과정을 살펴보면, 다음과 같다. 1976.12.22. 제정하여 2007.12.31.까지 시행하였던 “법” 제17조 제2항 제3호에서 “비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액은매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있어 과세당국과 납세의무자간에 소형승용자동차의 임차와 관련한 매입세액의 공제여부에 대한 소송이 제기되어 대법원 및 서울고등법원의 판결에서 “소형승용차의 임차와 관련한 매입세액은 그 구입과 유지에 관한 매입세액이 아니므로 공제하는 것이 타당하다”고 판시(대법원 2006두 10559, 2006.8.25/ 서울고등법원 2005누16507,2006.5.18.)하자, 기획재정부는 2007.12.31. 위 규정을 “비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제하니 아니한다”고 개정하면서 “그 간 비영업용 소형승용자동차의 임차비용에 대하여 「부가가치세법 기본통칙」17-60-1에 따라 매입세액을 불공제하였으나, 최근 법원의 판결과 법률 적용의 형평성 제고 및 세무행정의 혼란을 방지하기 위하여 법령의 개정을 통하여 기존의 매입세액을 불공제한다는 입장을 명확이 하고자 한다”고 그 개정이유를 밝히고 있다(기획재정부 2007년 간추린 개정세법 참조).는 것 외에는 동법 제17조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하며, 이러한 특별규정이 없이 그 공제를 부인할 수 없는 것인 바(대법원 2006.8.25. 선고 2006두10559 판결과 같은 뜻), “법” 개정이전의 비영업용 소형승용자동차의 임차비용은 매입세액 불공제 대상에서 제외함이 타당한 것으로 판단되므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.
○ 대법97누4661, 2000.09.29
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이며(대법원 1993.11.23. 선고, 93누15939 판결; 1997.5.16. 선고, 95누14602 판결; 1999.3.9. 선고, 98두2379 판결 등 참조) 단순한 법령의 부지나 오해 등은 그 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없으므로(대법원 1995.11.7. 선고, 95누92 판결 참조), 구상속세법(1993.12.31. 법률 제4662호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 소정의 가산세와 관련하여 달리 특별한 규정을 두고 있지 아니한 이상상속재산가액의 평가방법 등을 알지 못하여 상속재산가액을 과소신고하였다는 사정은 단순한 법령의 부지나 오해에 불과하여 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다(대법원 1994.8.26. 선고, 93누20467 판결; 1995.11.7. 선고, 95누92 판결; 1998.11.27. 선고, 96누16308 판결 등 참조). 그러나 단순한 법령의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑義)로 인한 견해의 대립이 생기는 등 특별한 사정이 있는 경우에도 납세의무자가 정부의 견해와 다른 견해를 취하였다 하여 가산세의 부과요건에 해당하게 된다고 본다면 납세의무자에게 너무 가혹하다 할 것이므로 예외적으로 정당한 사유가 인정될 수 있다 할 것이다(대법원 1992.10.23. 선고, 92누2936 92누2943 판결 참조).
○ 국심2004서1637, 2004.11.03
처분청이 세법적용의 판단착오에 의한 결정취소 후 재경정고지한 경우 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 과세한 처분은 부당하다는 사례
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만, 납세의무자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없을 것(대법원97누4661, 2000.9.29. 외 다수 같은뜻)인바, 이건 당초 처분을 취소하고 다시 결정고지하게 된 것이 처분청의 세법적용의 판단착오에 기인한 것으로 보이고, 처분청이 쟁점 분양권에 대한 양도소득세의 확정신고기한경과 전에 쟁점 분양권의 양도가 비과세대상이라는 이유로 직권취소하였다가 확정신고기한경과 후 재경정고지한 점과 처분청의 담당직원이 비과세결정사실을 청구인에게 유선통보하였던 사실이 인정되는 점 등으로 보아 청구인에게 이건 신고ㆍ납부의무를 해태한 데 대한 귀책사유가 있다고 보기 어려우므로 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세는 취소함이 타당하다고 판단된다.
○ 국심2002서3080, 2003.4.24.
국세청장은 법인이 손익의 귀속 사업연도 착오로 세액을 앞당겨 신고·납부함에 따라그 다음 사업연도에 과소신고된 경우 가산세를 적용하지 않는다는 취지의 예규(종전예규)를 1996년 이후 3차례에 걸쳐 반복하여 생산하였으므로, 청구법인이 이를 정당한 것으로 받아들여 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰할 수 있었다 할 것이고, 이러한 국세청장의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 어떠한 귀책사유가 있었다고 보기 어렵다 할 것이다. (중략)
따라서 처분청이 변경된 예규를 적용하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하면서과소신고가산세와 미납부가산세를 부과한 이 건 처분은 신의성실원칙·소급과세금지원칙을 위반한 잘못이 있다 하겠다.

귀 질의의 경우, 비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 매입세액에 대한 새로운 법령해석(기획재정부 부가가치세과-704, 2009.10.22)에 따라 부가가치세 매입세액을 공제하는 경정청구와 함께 당해 매입세액을 손금불산입하여 법인세를 수정신고하는 경우에는 「국세기본법」 제48조에 의거 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되는 것입니다.



[ 관련법령 ]국세기본법 제48조【가산세 감면 등】