요약
□ 사실관계 및 질의요지
- 비영리법인인 질의교회는 당초 교인소유의 토지를 2006년 7월 증여받았으나, 당해 토지의 공유자들 간 이견으로 인하여 증여받은 토지를 교회의 고유목적사업에 사용할 수 없게 됨.
- 당해 토지를 처분할 경우 법인세 과세여부


【關聯法令】
□ 소득세법 제1조 【납세의무】
③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 「국세기본법」 제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. (2006. 12. 30. 개정)


□ 법인세법 제1조 【정 의】
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1998. 12. 28. 개정)
2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다. (1998. 12. 28. 개정)
다. 「국세기본법」 제13조 제4항의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (2006. 12. 30. 개정)


□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. <개정 2008.12.26 부칙>
1. 각 사업년도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (중략)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(이하생략)


□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
② 법 제3조제3항제5호에서 대통령령이 정하는 것 이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4 부칙>


□ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 (2009. 5. 21. 개정)
가. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) (2009. 5. 21. 개정)
나. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지 (2009. 5. 21. 개정)
다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산 (2009. 5. 21. 개정)
2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설) (중 략)
⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정) (중략)
⑧ 토지등을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. (2009. 5. 21. 신설)


□ 서이46012-11076, 2003.05.29
【질의】
종교법인이 1961. 9월 취득한 임야를 1976. 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기필. 소유권이 종교법인과 이중등기 국방부 등기는 1994.3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유ㆍ사용 중(종교법인에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구)
당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001. 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호(2001. 12. 29 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지
〈갑설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지 사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음.
〈을설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄.
【회신】
비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고,
종교법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 “사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제” 규정을 적용받을 수 없는 것임.
[ 제 목 ]
비영리내국법인이 고정자산 처분시 법인세 과세여부

[ 요 지 ]
비영리내국법인이 소유하는 고정자산을 처분한 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 경우를 제외하고는 당해 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당되는 것이며, 비사업용 토지를 양도한 경우 일정요건에 해당될 경우 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용됨

[ 회 신 ]
비영리내국법인이 소유하는 고정자산을 처분한 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 경우를 제외하고는 당해 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당되는 것임
비영리내국법인이 「법인세법」 제55조의2제1항제3호의 비사업용 토지를 양도한 경우 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 인 경우 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 추가하여 납부하여야 하는 것이되, 토지 등을 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지의 기간에 양도하는 경우 상기의 규정을 적용하지 아니하는 것임(「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역 안의 부동산은 제외).

[ 관련법령 ]법인세법 제3조 【과세소득의 범위】







1. 질의내용 요약
□ 사실관계 및 질의요지
- 비영리법인인 질의교회는 당초 교인소유의 토지를 2006년 7월 증여받았으나, 당해 토지의 공유자들 간 이견으로 인하여 증여받은 토지를 교회의 고유목적사업에 사용할 수 없게 됨.
- 당해 토지를 처분할 경우 법인세 과세여부


【關聯法令】
□ 소득세법 제1조 【납세의무】
③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 「국세기본법」 제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. (2006. 12. 30. 개정)


□ 법인세법 제1조 【정 의】
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1998. 12. 28. 개정)
2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다. (1998. 12. 28. 개정)
다. 「국세기본법」 제13조 제4항의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (2006. 12. 30. 개정)


□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. <개정 2008.12.26 부칙>
1. 각 사업년도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (중략)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(이하생략)


□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
② 법 제3조제3항제5호에서 대통령령이 정하는 것 이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4 부칙>


□ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 (2009. 5. 21. 개정)
가. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) (2009. 5. 21. 개정)
나. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지 (2009. 5. 21. 개정)
다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산 (2009. 5. 21. 개정)
2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설) (중 략)
⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정) (중략)
⑧ 토지등을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. (2009. 5. 21. 신설)


□ 서이46012-11076, 2003.05.29
【질의】
종교법인이 1961. 9월 취득한 임야를 1976. 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기필. 소유권이 종교법인과 이중등기 국방부 등기는 1994.3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유ㆍ사용 중(종교법인에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구)
당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001. 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호(2001. 12. 29 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지
〈갑설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지 사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음.
〈을설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄.
【회신】
비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고,
종교법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 “사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제” 규정을 적용받을 수 없는 것임.

비영리내국법인이 소유하는 고정자산을 처분한 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 경우를 제외하고는 당해 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당되는 것임
비영리내국법인이 「법인세법」 제55조의2제1항제3호의 비사업용 토지를 양도한 경우 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 인 경우 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 추가하여 납부하여야 하는 것이되, 토지 등을 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지의 기간에 양도하는 경우 상기의 규정을 적용하지 아니하는 것임(「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역 안의 부동산은 제외).

[ 관련법령 ]법인세법 제3조 【과세소득의 범위】