요약
□ 사실관계
- 고유번호증을 교부받은 법인으로 보는 단체(종중, 수익사업 없음)가선대로부터 상속받은 임야(보존등기 1981년)를 최근 수용당하게 됨.
- 수용된 임야에 대한 법인세 신고시 법인세법 제60조의 각 사업연도소득에 대한 법인세로 신고하는 것과 법인세법 제62조의2에 의하여 소득세법을 준용하여 신고하는 것을 검토 중에 있음.


□ 질의요지
- 법인세법 제62조의2에 의해 자산양도소득에 대한 과세특례 적용시 1981년에 취득한 경우 취득가액 산정방법
(갑설) 법인세법상 고정자산 처분손익을 산정함에 있어 1990.12.31이전 취득한 토지 및 건물은 장부가액 및 1991.1.1현재 상속세및증여세법에 의하여 평가한 가액 중 큰 금액으로 하는 것임.
(을설) 법인세법 제62조의2제4항에서 소득세법 제97조(취득가액)를 준용하므로, 소득세법 제97조에 의하여 환산가액을 취득가액으로 적용시 ’85년이전 취득분은 ’85.1.1 취득한 것으로 보아 취득가액 산정함.


【關聯法令】
□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)


□ 법인세법 제1조【납세의무】(1988.12.26 개정)
① 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 내국법인 이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 비영리내국법인 이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.<개정 1971.12.28, 1974.12.21, 1981.12.31, 1982.12.21, 1988.12.26>
6. 수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입


□ 법인세법 부칙 <제4020호,1988.12.26>
제1조 (시행일)
이 법은 1989년 1월 1일부터 시행한다.
제3조 (비영리법인의 수익사업과세에 관한 적용례)
③ 제1조제1항제6호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 처분하는 분부터 적용한다.


제14조 (수익사업용 고정자산의 취득가액산정에 관한 특례)
제1조제1항제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재로 상속세법 제9조제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액으로 할 수 있다.


□ 법인세법 제1조【납세의무】(1990.12.31 개정)
① 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 내국법인 이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 비영리내국법인 이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.<개정 1971.12.28, 1974.12.21, 1981.12.31, 1982.12.21, 1988.12.26, 1990.12.31>
6. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입


□ 법인세법 부칙 <제4664호,1993.12.31>
제1조 (시행일)
이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제22조의2·제41조제1항·제3항 및 제13항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제7조 (취득가액산정에 관한 특례)
제1조제1항제6호의 규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물(법률 제4020호 법인세법중개정법률 부칙 제14조의 규정을 적용받는 경우를 제외한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재로 상속세법 제9조제1항의 가액으로 평가한 가액중 큰 금액으로 할 수 있다.


□ 법인세법 부 칙 (1998. 12. 28 법률 제5581호)
제8조 【수익사업소득계산에 관한 특례】
② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.(2005. 12. 31. 개정)


□ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정)
④ 「소득세법」 제96조ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정) (중략)
⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정) (이하생략)
　
□ 소득세법 제96조 【양도가액】
① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)


□ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】
① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액 (2005. 12. 31. 개정)
가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 (2005. 12. 31. 개정)
나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2005. 12. 31. 개정)(이하생략)


□ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】　　　
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이라 함은 제176조의 2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)


□ 소득세법 시행령 제176조의 2 【추계결정 및 경정】
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다. (2008. 2. 22. 개정)
2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 (2005. 12. 31. 개정)


양도당시의 실지거래가액,　　　　　　　　 취득당시의 기준시가
제3항 제1호의 매매사례가액 × ─────────────────────
또는 동항 제2호의 감정가액　　 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의
　　　　　　　　　　　　　　　　규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에
　　　　　　　　　　　　　　　　의한 양도당시의 기준시가)
③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (2009. 2. 4. 개정)
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액 (2009. 2. 4. 개정)
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액 (1999. 12. 31. 신설)
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액 (1999. 12. 31. 신설)
4. 기준시가 (1999. 12. 31. 신설)
④ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」 부칙 제8조에서 정하는 날(이하 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)에 대하여 제3항 제1호부터 제3호까지의 규정을 적용할 때에 의제취득일 현재의 취득가액은 다음 각 호의 가액 중 많은 것으로 한다. (2009. 2. 4. 개정)
1. 의제취득일 현재 제3항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 가액 (1999. 12. 31. 신설)
2. 취득 당시 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액이 확인되는 경우로서 해당 자산의 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 직전일까지의 보유기간동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액 (2009. 2. 4. 개정)


□ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】　　　
자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)


□ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】
⑥ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」 부칙 제8조에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)
1. 1984년 12월 31일 이전에 취득한 법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산 (2000. 12. 29. 개정)
2. (삭제, 1995. 12. 30.)
3. 1985년 12월 31일 이전에 취득한 법 제94조 제1항 제3호의 자산 (2000. 12. 29. 개정)
⑦ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」 부칙 제8조에서 “대통령령이 정하는 날”이라 함은 다음 각호의 날을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)
1. 법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산의 경우에는 1985년 1월 1일 (2000. 12. 29. 개정)
2. (삭제, 1995. 12. 30.)
3. 법 제94조 제1항 제3호의 자산의 경우에는 1986년 1월 1일 (2000. 12. 29. 개정)
⑧ 제1항 내지 제4항의 규정은 법 제95조의 규정에 의한 양도가액의 수입시기에 관하여 이를 준용한다.


□ 소득세법 부 칙 (1994. 12. 22 법률 제4803호 전면개정)
제8조 【양도자산의 취득시기에 관한 의제】
제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다. (1995. 12. 29. 개정)


□ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】　　　
① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)
1. 토지(「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2009. 6. 9. 개정 ; 측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률 부칙) (이하생략)


【關聯例規】
□ 법인-712(2009.02.20)
【질의】
(사실관계)
학교법인 A 학원은 1964년 2월 7일 설립 등기한 비영리법인으로 수익사업용 재산인 충남 ○○군 ○○읍 ○○리 산 ○-○번지 임야 639,670㎡를 학교법인간의 합병으로 1976년 11월 30일 취득하였음.
학교법인 A 학원은 합병과정에서 임야의 취득가액(장부가액)을 19,350,000원으로 계상하였음.
2007년 12월 학교법인 A 학원은 소유하고 있던 임야를 산림청에 임의매매계약에 의하여 양도하였음.(공익사업에 의한 수용은 아님)
(질의내용)
질의1) 학교법인 A 학원과 같이 비영리법인이 소유하던 수익사업용재산인 임야를 양도함에 따라 비사업용토지에 해당 법인세를 산정함에 있어(양도차익 × 30％)취득가액을 계상하는 경우
갑설 : 양도임야에 대한 1991년 1월 1일 현재(1990년 1월 1일 기준) 고시된 개별공시지가를 적용하여 계상함.
(639,670㎡ × 1,800원 / 1990년 1월 1일 기준고시 ＝ 1,151,406,000원 부칙법률 제5581호 제8조 제2항 (1998년 12월 28일), 부칙 법률 제7838호 2005년 12월 31일 참조)
을설 : 학교법인 A 학원의 경우는 양도임야의 법인장부상가액 19,350,000원이 명시되어 있어 이를 취득가액으로 계상하여야 함.
질의2) 양도임야에 대한 양도차익 산정시 기타필요경비를 계상하는 경우 갑설이 적법하면 기준시가의 3％에 해당하는 34,542,180원
(1,151,406,000원 × 3％)을 추가로 계상할 수 있는지 여부
【회신】
비영리내국법인에 대하여 「법인세법」 제55조의 2 제6항 규정을 적용함에 있어 법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙(1998. 12. 28.) 제8조 제2항 및 법률 제7838호 법인세법 개정법률 부칙(2005. 12. 31.) 제21조 규정은 적용되지 않는 것임.


□ 법규과-3541(2008.8.20)
○ 사실관계
- □□법인은 장학사업을 영위하는 비영리내국법인으로서 '71.10.15일 취득한 임야를 '07.12.7일 양도하고 법인세 신고 (당해 임야는 비사업용 토지에 해당)
- 토지 등 양도소득에 대한 법인세 산정시 장부가액을 상속세및증여세법상 평가액으로 정정하여 경정청구 (1백만원→2,314백만원)
○ 질의내용
- 비영리내국법인이 '90.12.31일 이전 취득한 토지를 처분한 경우 수익사업소득 산정시 취득가액은 장부가액과 '91.1.1. 현재 상속세및증여세법상 평가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 바 (법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙 제8조 2항 및 법률 제7838호 법인세법 개정법률 부칙 제21조)
- 토지 등 양도소득에 대한 법인세 산정시 양도금액에서 차감하는 장부가액을 위 부칙을 준용하여 장부가액과 상속세및증여세법상 평가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 지 여부
[ 회 신 ]
비영리내국법인에 대하여「법인세법」제55조의 2 제6항 규정을 적용함에 있어 법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙(1998.12.28.) 제8조 제2항 및 법률 제7838호 법인세법 개정법률 부칙(2005.12.31.) 제21조 규정은 적용되지 않는 것임
[ 제 목 ]
비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 적용시 취득가액 산정

[ 요 지 ]
비영리내국법인이 「법인세법」 제62조의2에 의하여 양도차익을 계산함에 있어 법률 제4803호 「소득세법개정법률」부칙 제8조에서 정하는 날 전에 취득한 자산은 「소득세법 시행령」 제176조의2제4항 각호의 가액 중 많은 것을 의제취득일 현재의 취득가액으로 하는 것임

[ 회 신 ]
「법인세법」 제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입은 같은 법 제60조제1항의 규정에 불구하고 같은 법 제62조의2에 규정에 의하여 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부할 수 있는 것이며,
이 경우, 「법인세법」 제62조의2에 의하여 양도차익을 계산함에 있어 법률 제4803호 「소득세법개정법률」부칙 제8조에서 정하는 날(이하 “의제취득일”이라 함) 전에 취득한 자산은 「소득세법 시행령」 제176조의2제4항 각호의 가액 중 많은 것을 의제취득일 현재의 취득가액으로 하는 것임

[ 관련법령 ]법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】







1. 질의내용 요약
□ 사실관계
- 고유번호증을 교부받은 법인으로 보는 단체(종중, 수익사업 없음)가선대로부터 상속받은 임야(보존등기 1981년)를 최근 수용당하게 됨.
- 수용된 임야에 대한 법인세 신고시 법인세법 제60조의 각 사업연도소득에 대한 법인세로 신고하는 것과 법인세법 제62조의2에 의하여 소득세법을 준용하여 신고하는 것을 검토 중에 있음.


□ 질의요지
- 법인세법 제62조의2에 의해 자산양도소득에 대한 과세특례 적용시 1981년에 취득한 경우 취득가액 산정방법
(갑설) 법인세법상 고정자산 처분손익을 산정함에 있어 1990.12.31이전 취득한 토지 및 건물은 장부가액 및 1991.1.1현재 상속세및증여세법에 의하여 평가한 가액 중 큰 금액으로 하는 것임.
(을설) 법인세법 제62조의2제4항에서 소득세법 제97조(취득가액)를 준용하므로, 소득세법 제97조에 의하여 환산가액을 취득가액으로 적용시 ’85년이전 취득분은 ’85.1.1 취득한 것으로 보아 취득가액 산정함.


【關聯法令】
□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)


□ 법인세법 제1조【납세의무】(1988.12.26 개정)
① 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 내국법인 이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 비영리내국법인 이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.<개정 1971.12.28, 1974.12.21, 1981.12.31, 1982.12.21, 1988.12.26>
6. 수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입


□ 법인세법 부칙 <제4020호,1988.12.26>
제1조 (시행일)
이 법은 1989년 1월 1일부터 시행한다.
제3조 (비영리법인의 수익사업과세에 관한 적용례)
③ 제1조제1항제6호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 처분하는 분부터 적용한다.


제14조 (수익사업용 고정자산의 취득가액산정에 관한 특례)
제1조제1항제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재로 상속세법 제9조제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액으로 할 수 있다.


□ 법인세법 제1조【납세의무】(1990.12.31 개정)
① 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 내국법인 이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 비영리내국법인 이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.<개정 1971.12.28, 1974.12.21, 1981.12.31, 1982.12.21, 1988.12.26, 1990.12.31>
6. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입


□ 법인세법 부칙 <제4664호,1993.12.31>
제1조 (시행일)
이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제22조의2·제41조제1항·제3항 및 제13항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제7조 (취득가액산정에 관한 특례)
제1조제1항제6호의 규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물(법률 제4020호 법인세법중개정법률 부칙 제14조의 규정을 적용받는 경우를 제외한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재로 상속세법 제9조제1항의 가액으로 평가한 가액중 큰 금액으로 할 수 있다.


□ 법인세법 부 칙 (1998. 12. 28 법률 제5581호)
제8조 【수익사업소득계산에 관한 특례】
② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.(2005. 12. 31. 개정)


□ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정)
④ 「소득세법」 제96조ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정) (중략)
⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정) (이하생략)
　
□ 소득세법 제96조 【양도가액】
① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)


□ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】
① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액 (2005. 12. 31. 개정)
가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 (2005. 12. 31. 개정)
나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2005. 12. 31. 개정)(이하생략)


□ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】　　　
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이라 함은 제176조의 2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)


□ 소득세법 시행령 제176조의 2 【추계결정 및 경정】
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다. (2008. 2. 22. 개정)
2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 (2005. 12. 31. 개정)


양도당시의 실지거래가액,　　　　　　　　 취득당시의 기준시가
제3항 제1호의 매매사례가액 × ─────────────────────
또는 동항 제2호의 감정가액　　 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의
　　　　　　　　　　　　　　　　규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에
　　　　　　　　　　　　　　　　의한 양도당시의 기준시가)
③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (2009. 2. 4. 개정)
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액 (2009. 2. 4. 개정)
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액 (1999. 12. 31. 신설)
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액 (1999. 12. 31. 신설)
4. 기준시가 (1999. 12. 31. 신설)
④ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」 부칙 제8조에서 정하는 날(이하 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)에 대하여 제3항 제1호부터 제3호까지의 규정을 적용할 때에 의제취득일 현재의 취득가액은 다음 각 호의 가액 중 많은 것으로 한다. (2009. 2. 4. 개정)
1. 의제취득일 현재 제3항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 가액 (1999. 12. 31. 신설)
2. 취득 당시 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액이 확인되는 경우로서 해당 자산의 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 직전일까지의 보유기간동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액 (2009. 2. 4. 개정)


□ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】　　　
자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)


□ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】
⑥ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」 부칙 제8조에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)
1. 1984년 12월 31일 이전에 취득한 법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산 (2000. 12. 29. 개정)
2. (삭제, 1995. 12. 30.)
3. 1985년 12월 31일 이전에 취득한 법 제94조 제1항 제3호의 자산 (2000. 12. 29. 개정)
⑦ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」 부칙 제8조에서 “대통령령이 정하는 날”이라 함은 다음 각호의 날을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)
1. 법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산의 경우에는 1985년 1월 1일 (2000. 12. 29. 개정)
2. (삭제, 1995. 12. 30.)
3. 법 제94조 제1항 제3호의 자산의 경우에는 1986년 1월 1일 (2000. 12. 29. 개정)
⑧ 제1항 내지 제4항의 규정은 법 제95조의 규정에 의한 양도가액의 수입시기에 관하여 이를 준용한다.


□ 소득세법 부 칙 (1994. 12. 22 법률 제4803호 전면개정)
제8조 【양도자산의 취득시기에 관한 의제】
제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다. (1995. 12. 29. 개정)


□ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】　　　
① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)
1. 토지(「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2009. 6. 9. 개정 ; 측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률 부칙) (이하생략)


【關聯例規】
□ 법인-712(2009.02.20)
【질의】
(사실관계)
학교법인 A 학원은 1964년 2월 7일 설립 등기한 비영리법인으로 수익사업용 재산인 충남 ○○군 ○○읍 ○○리 산 ○-○번지 임야 639,670㎡를 학교법인간의 합병으로 1976년 11월 30일 취득하였음.
학교법인 A 학원은 합병과정에서 임야의 취득가액(장부가액)을 19,350,000원으로 계상하였음.
2007년 12월 학교법인 A 학원은 소유하고 있던 임야를 산림청에 임의매매계약에 의하여 양도하였음.(공익사업에 의한 수용은 아님)
(질의내용)
질의1) 학교법인 A 학원과 같이 비영리법인이 소유하던 수익사업용재산인 임야를 양도함에 따라 비사업용토지에 해당 법인세를 산정함에 있어(양도차익 × 30％)취득가액을 계상하는 경우
갑설 : 양도임야에 대한 1991년 1월 1일 현재(1990년 1월 1일 기준) 고시된 개별공시지가를 적용하여 계상함.
(639,670㎡ × 1,800원 / 1990년 1월 1일 기준고시 ＝ 1,151,406,000원 부칙법률 제5581호 제8조 제2항 (1998년 12월 28일), 부칙 법률 제7838호 2005년 12월 31일 참조)
을설 : 학교법인 A 학원의 경우는 양도임야의 법인장부상가액 19,350,000원이 명시되어 있어 이를 취득가액으로 계상하여야 함.
질의2) 양도임야에 대한 양도차익 산정시 기타필요경비를 계상하는 경우 갑설이 적법하면 기준시가의 3％에 해당하는 34,542,180원
(1,151,406,000원 × 3％)을 추가로 계상할 수 있는지 여부
【회신】
비영리내국법인에 대하여 「법인세법」 제55조의 2 제6항 규정을 적용함에 있어 법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙(1998. 12. 28.) 제8조 제2항 및 법률 제7838호 법인세법 개정법률 부칙(2005. 12. 31.) 제21조 규정은 적용되지 않는 것임.


□ 법규과-3541(2008.8.20)
○ 사실관계
- □□법인은 장학사업을 영위하는 비영리내국법인으로서 '71.10.15일 취득한 임야를 '07.12.7일 양도하고 법인세 신고 (당해 임야는 비사업용 토지에 해당)
- 토지 등 양도소득에 대한 법인세 산정시 장부가액을 상속세및증여세법상 평가액으로 정정하여 경정청구 (1백만원→2,314백만원)
○ 질의내용
- 비영리내국법인이 '90.12.31일 이전 취득한 토지를 처분한 경우 수익사업소득 산정시 취득가액은 장부가액과 '91.1.1. 현재 상속세및증여세법상 평가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 바 (법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙 제8조 2항 및 법률 제7838호 법인세법 개정법률 부칙 제21조)
- 토지 등 양도소득에 대한 법인세 산정시 양도금액에서 차감하는 장부가액을 위 부칙을 준용하여 장부가액과 상속세및증여세법상 평가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 지 여부
[ 회 신 ]
비영리내국법인에 대하여「법인세법」제55조의 2 제6항 규정을 적용함에 있어 법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙(1998.12.28.) 제8조 제2항 및 법률 제7838호 법인세법 개정법률 부칙(2005.12.31.) 제21조 규정은 적용되지 않는 것임

「법인세법」 제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입은 같은 법 제60조제1항의 규정에 불구하고 같은 법 제62조의2에 규정에 의하여 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부할 수 있는 것이며,
이 경우, 「법인세법」 제62조의2에 의하여 양도차익을 계산함에 있어 법률 제4803호 「소득세법개정법률」부칙 제8조에서 정하는 날(이하 “의제취득일”이라 함) 전에 취득한 자산은 「소득세법 시행령」 제176조의2제4항 각호의 가액 중 많은 것을 의제취득일 현재의 취득가액으로 하는 것임

[ 관련법령 ]법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】