항공운송업을 영위하는 甲 주식회사가 신용카드사, 은행 등(이하 ‘제휴사’라 한다)과 업무제휴를 맺고, 고객이 제휴사의 이용실적(이하 ‘1차 거래’라 한다)에 따라 적립한 마일리지(이하 ‘제휴 마일리지’라 한다)를 甲 회사가 제공하는 항공권 구매, 라운지 이용 등에 사용(이하 ‘2차 거래’라 한다)할 때 사용액만큼의 제휴 마일리지를 차감하는 제도를 운영하면서, 제휴 마일리지의 적립 시점에 제휴사들로부터 일정한 정산금을 지급받아 왔는데, 甲 회사가 차감한 제휴 마일리지에 상당하는 사용금액(이하 ‘제휴 마일리지 사용액’이라 한다)을 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고·납부하였다가, 제휴 마일리지 사용액 부분이 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 에누리액에 해당한다고 주장하며 신고·납부한 부가가치세를 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 관할 세무서장이 이를 거부한 사안이다.
구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항, 제3항, 제5항의 문언내용과 규정체계에 의하면, 부가가치세의 과세표준에 포함되기 위해서는 재화나 용역의 공급과 대가관계에 있는 것을 받아야 할 뿐만 아니라 그것이 금전 또는 금전적 가치가 있는 것이어야 하며, 이른바 ‘에누리액’은 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액으로서 거래상대방으로부터 실제로 받은 금액이 아니므로 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없는바, 甲 회사가 제휴사들로부터 지급받은 정산금은, 甲 회사가 고객들에게 항공용역 등을 공급함에 따라 지급받은 것이 아니고, 제휴사들이 공동의 이익증진을 위하여 지출한 비용의 일부를 분담하는 성격을 가진 것으로서, 2차 거래와는 별도로 이루어진 甲 회사와 제휴사들 사이의 업무제휴계약에 따라 산정·지급된다는 점 등에 비추어, 정산금 또는 제휴 마일리지 사용액은 2차 거래와 대가관계가 있는 것이라고 볼 수 없으며, 제휴 마일리지 사용액은 2차 거래 이후에 제휴사들로부터 정산금 등을 수령할 수 있는 어떠한 권리를 표창하는 것이라고 볼 수 없고, 甲 회사가 제휴 마일리지를 차감하는 시점, 즉 2차 거래 시점을 기준으로 보면 제휴 마일리지는 아무런 금전적 가치도 가지지 않으며, 1차 거래 당시에 고객에게 약속한 할인약정의 내용을 수치화하여 표시한 것에 불과하여, 금전적 가치가 있는 것이 아닐 뿐만 아니라 성격상으로도 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 ‘에누리액’에 해당하므로, 정산금 혹은 제휴 마일리지 사용액이 2차 거래의 부가가치세 과세표준에 포함될 수 없다고 보아 위 처분이 위법하다고 한 사례이다.
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