과세대상인 주택과 면세대상인 토지를 함께 공급하는 사업을 하는 경우에, 주택과 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 과세사업에 관련된 매입세액으로서 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 제1호에 따라 매출세액에서 공제될 수 있는 반면, 재고자산인 토지와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 면세사업에 관련된 매입세액으로서 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 전단에 따라 매출세액에서 공제될 수 없다.
매출세액에서 공제되지 아니하는 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득원가를 구성하여 토지를 양도할 때에 취득원가에 산입하는 방법으로 회수되고, 매출세액에서 공제되는 매입세액의 경우에는 매입세액 공제의 방법으로 회수된다. 따라서 주택재개발정비사업을 시행하는 사업자가 재고자산인 토지와 지상의 종전 건축물을 취득하여 종전 건축물을 철거한 후 주택 등 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니다. 그리고 그 비용이 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다.
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