구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제41조 제1항 제1호, 제2호는 수익비용대응의 원칙에 따라 기간손익을 적정하게 계산하기 위하여 타인으로부터 매입한 자산이나 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법으로 취득한 자산의 경우 그 취득에 소요된 부대비용을 취득가액에 포함되는 것으로 정하고 있는데, 그 밖의 방법으로 취득한 자산이라고 하여 그와 다른 기준에 의하여 취득가액의 범위를 정할 합리적인 이유를 찾기 어렵다. 그리고 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제72조 제1항 제4호 단서는 구 법인세법 제16조 제1항 제5호의 금액(의제배당소득금액)과 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 금액(특수관계자와의 합병과정에서 분여받은 이익이 있는 경우 그 이익)의 경우에는 이미 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금에 산입되어 법인세가 과세되었음을 고려하여 이중과세를 방지하기 위한 취지에서 종전의 장부가액에 그 각 금액을 가산하여 취득가액을 산정하도록 한 것일 뿐 수익비용대응의 원칙에 대한 예외를 정한 것으로는 볼 수 없다. 이러한 점들에 비추어 보면, 주주가 합병으로 인하여 주식을 취득한 경우에도 그 취득에 소요된 부대비용은 특별한 사정이 없는 한 취득가액에 포함된다.
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