구 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호, 구 조세특례제한법 시행령 제99조 제3항 제1호에서 정한 ‘신축주택을 취득한 날부터 5년 경과 후 양도하는 경우’, 양도소득세의 과세표준 및 세액을 산정하는 방법

구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제2호, 구 조세특례제한법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제99조 제3항 제1호(이하 ‘특례조항’이라 한다)는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 특례조항의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 특례조항에서 규정한 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다.

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.
구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 특별한 표시가 없으면 같다) 제99조 제1항 제2호, 구 조세특례제한법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조 제3항 제1호는 거주자가 주택건설촉진법에 의한 주택조합이 그 조합원에게 공급하고 남은 것으로서 신축주택 취득기간(국민주택의 경우에는 1998. 5. 22.부터 1999. 12. 31.까지) 내에 주택조합과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다).
구 조세특례제한법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 이 사건 특례조항의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 이 사건 특례조항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다.
원심은 채택 증거에 의하여, 원고가 2001. 12. 29. 신규 분양받은 이 사건 주택을 취득하여 그로부터 5년이 경과한 2008. 6. 9. 양도한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 주택의 양도에 대하여는 2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지의 기간 중에 주택법에 의한 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득한 신축주택에 대한 양도소득세의 과세특례를 규정한 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제99조의3이 적용된다는 전제 아래, 위 규정의 문언 내용과 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 주택의 양도에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 이 사건 주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 한다고 판단하였다.
원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 1999. 8. 6. 구 주택건설촉진법(2003. 5. 29. 법률 제6916호 주택법으로 전부 개정되기 전의 것)에 의한 주택조합인 도곡주공아파트 재건축주택조합이 조합원에게 공급하고 남은 주택으로서 국민주택에 해당하는 이 사건 주택에 관하여 위 주택조합과 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 다음 2001. 12. 29. 이를 취득하여 그로부터 5년이 경과한 2008. 6. 9. 양도한 점에 비추어 보면, 이 사건 주택의 양도에 대하여는 구 조세특례제한법 제99조가 적용되어야 하므로, 원심이 이 사건 주택의 양도에 대하여 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제99조의3이 적용된다고 본 것은 잘못이다. 다만 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원심이 이 사건 주택의 양도에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 이 사건 주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 한다고 본 결론은 정당한 것으로 수긍할 수 있다. 따라서 원심판결에는 상고이유의 주장과 같이 양도소득세가 감면되는 신축주택의 과세표준 및 세액의 산정방법에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.