[1] 구 법인세법 제20조에서 정한 부당행위계산 부인의 의미와 그 요건으로서 ‘경제적 합리성’ 유무의 판단 기준
[2] 법인의 대표이사가 자기 소유의 토지에 대하여 법인 비용을 들여 보전임지전용허가와 농지전용허가를 받은 후 법인과 그 토지에 관한 매매계약을 체결하고, 그 매매대금을, 법인비용을 들여 조성한 대지의 현황을 기준으로 산정한 행위는 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위이므로, 구 법인세법 제20조, 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제4호에서 정한 부당행위계산 부인대상에 해당한다고 한 사례
[3] 고가매입으로 인한 부당행위계산 부인의 경우, 토지 등의 취득이 부당행위계산에 해당하는지 여부의 기준시기(=거래 당시) 및 그 익금에 산입하여 소득처분할 금액산정의 기준시기(=취득시기)

[1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것) 제20조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다.
[2] 법인의 대표이사가 자기 소유의 토지에 대하여 법인 비용을 들여 보전임지전용허가와 농지전용허가를 받은 후 법인과 그 토지에 관한 매매계약을 체결하고, 그 매매대금을, 법인비용을 들여 조성한 대지의 현황을 기준으로 산정한 행위는 상법상 이사의 충실의무에 위배된 행위이고, 그 매매계약은 시가를 초과하여 법인의 노력과 비용으로 이루어진 지가상승분까지 대표이사 개인에게 귀속시킨 것으로서 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위이므로, 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것) 제20조, 구 법인세법 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 제4호에서 정한 부당행위계산 부인대상에 해당한다고 한 사례.
[3] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것) 제20조, 제32조 제5항, 구 법인세법 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 제4호, 제94조의2 제1항 제1호 각 규정과 부당행위계산 부인 제도의 취지, 저가양도로 인한 부당행위계산 부인에서 매매계약체결시기와 양도시기가 다른 경우 토지 등의 양도가 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단하는 반면, 그 토지의 양도차익을 계산하면서는 양도가액을 양도시기를 기준으로 산정하고 이는 그 선택의 이유와 기준을 달리하므로 양자가 기준시기를 달리 본다고 하여 불합리한 것은 아닌 점, 이러한 기준시기의 구별은 고가매입의 경우의 세무회계 처리방법, 소득처분의 시기와 방법에 비추어 동일하게 적용될 수 있는 점 등을 종합하면, 고가매입으로 인한 부당행위계산 부인의 경우에도 토지 등의 취득이 부당행위계산에 해당하는지 여부의 기준시기는 거래 당시인 반면, 그 익금에 산입하여 소득처분할 금액 산정의 기준시기는 특별한 사정이 없는 한 그 취득시기로 봄이 상당하다.

원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 관하여
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다 ( 대법원 1996. 7. 26. 선고 95누8751 판결, 대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).
원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용증거를 종합하여 원고는 연구소 부지를 확보하는 과정에서 대표이사이자 대주주인 소외 1 소유의 이 사건 토지 일대의 시가를 전과 답은 평당 300,000원에서 400,000원, 대지는 평당 1,300,000원에서 1,800,000원으로 파악하고, 1994. 6. 11. 이 사건 토지에 인접한 소외 2 소유의 지목이 답인 토지를 평당 350,000원에 매매계약을 체결한 사실, 한편 원고는 1994. 11. 29. 소외 1로부터 이 사건 토지에 관하여 사용승낙을 받아 1995. 4. 3.과 1995. 6. 22. 원고의 비용으로 보전임지전용허가와 농지전용허가를 각 받은 다음, 다시 1995. 8. 25. 소외 1과 사이에 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하면서 매매대금은 추후 원고가 그 부지조성공사를 마친 후 감정평가를 거쳐 결정된 금액으로 하기로 약정한 사실, 그 후 원고는 1996. 5. 12. 소외 1과 이 사건 토지에 관한 매매대금을 그 현황이 대지로 변경된 상태를 기준으로 한 감정평가액 8,700,000,000원으로 확정하고, 1996. 6. 5. 계약금 및 중도금으로 이미 지급한 금원을 제외한 나머지 금원을 지급한 후, 1996. 6. 19. 소유권이전등기를 마친 사실 등을 인정한 다음, 이러한 사실관계에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 매매계약 당시 원고에게 연구소 건립을 위하여 반드시 이 사건 토지를 사용하지 않으면 안되는 부득이한 사정이 있었다고는 보이지 않는 점, 원고는 지목이 전·답 등인 토지를 매수하여 대지로 조성하는 경우 그 시가가 급격히 상승하리라는 것을 잘 알고 있었던 점 등을 종합하여 보면, 소외 1이 개인 소유의 이 사건 토지에 대하여 원고 비용을 들여 보전임지전용허가와 농지전용허가를 받은 후 이 사건 매매계약을 체결하고 그 매매대금 역시 원고 비용을 들여 이 사건 토지를 대지로 조성한 후 그 변경된 현황을 기준으로 산정한 행위는 상법상 이사의 충실의무에 위배된 행위이고, 이 사건 매매계약은 시가를 초과하여 원고의 노력과 비용으로 이루어진 지가상승분까지 대표이사 개인에게 귀속시킨 것으로서 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위이므로 구 법인세법 제20조, 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제4호 소정의 부당행위계산 부인대상에 해당한다고 판단하였다.
앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면 위와 같은 원심판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 부당행위계산 부인에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 관하여
구 법인세법 제20조, 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제4호는 ‘출자자 등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입한 때’를 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로 들고 있고, 구 법인세법 제32조 제5항, 구 법인세법 시행령 제94조의2 제1항 제1호는 ‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 한다’고 규정하고 있다.
위 각 규정과 부당행위계산 부인 제도의 취지, 저가양도로 인한 부당행위계산 부인에 있어 매매계약체결시기와 양도시기가 다른 경우 토지 등의 양도가 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단하는 반면, 그 토지의 양도차익을 계산함에 있어서는 양도가액을 양도시기를 기준으로 산정하고 이는 그 선택의 이유와 기준을 달리하므로 양자가 기준시기를 달리 본다고 하여 불합리한 것은 아닌 점( 대법원 1989. 6. 13. 선고 88누5273 판결, 대법원 1999. 1. 29. 선고 97누15821 판결 참조), 이러한 기준시기의 구별은 고가매입의 경우의 세무회계 처리방법, 소득처분의 시기와 방법에 비추어 동일하게 적용될 수 있는 점 등을 종합하면, 고가매입으로 인한 부당행위계산 부인의 경우에도 토지 등의 취득이 부당행위계산에 해당하는지 여부 결정의 기준시기는 거래 당시인 반면, 그 익금에 산입하여 소득처분할 금액 산정의 기준시기는 특별한 사정이 없는 한 그 취득시기로 봄이 상당하다.
그럼에도 원심은 이와 달리 이 사건 매매계약을 고가매입으로 보아 부당행위계산 부인한 후 그 익금에 산입하여 소득처분할 금액을 산정함에 있어서도 그 기준시기를 부당행위계산 여부 결정시기와 동일한 이 사건 매매계약체결일이 되어야 한다는 전제 아래, 이 사건 토지의 취득시기인 1996. 6. 5. 당시 지목이 전·답인 상태에서의 시가 2,294,118,000원이 아닌 매매계약체결일인 1995. 8. 25. 당시 전·답인 상태에서의 시가 1,930,880,000원을 상회하는 2,015,631,050원과 이 사건 매매대금과의 차액을 익금에 산입하여 소득처분한 피고의 처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판단에는 부당행위계산 부인에 따라 익금에 산입하여 소득처분할 금액 산정의 기준시기에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 결론
그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.