보조금의예산및관리에관한법률 제35조, 동시행령 제16조 제2호의 규정에 의하면 보조금에 의하여 건축한 보육시설은 처분제한기간을 경과한 경우에는 그 처분에 아무런 제한을 받지 않는다고 할 것이다.
그러한 점에 비추어 볼 때 보조사업자가 보조금으로 건립한 보육시설, 기타 부대시설을 그 준공일로부터 일정기간 동안은 노동부장관의 승인 없이 국고보조금 교부목적에 위배되는 용도에 사용하거나 양도, 교환, 대여 또는 담보에 제공할 수 없다고 규정하고 있는 직장보육시설설립운영지침(이하 '설립운영지침'이라 한다)을 준수할 것을 조건으로 보조금을 교부받아, 여기에 자기 부담금을 보태서 보육시설을 건축하여 일정기간 보육시설을 운영하다가 임의로 이를 제3자에게 매도한 경우, 처분제한기간 중 스스로 보육시설을 운영한 기간에 상응한 부분은 직장보육시설 보조금이 그 목적대로 집행된 것이라고 볼 여지가 있으므로, 보육시설을 타에 매매함으로써 처분제한 조건을 위반하였다는 사유로 보조금의예산및관리에관한법률 제30조 제1항에 의하여 보조금교부결정을 취소함에 있어서는 매매에 이른 경위 등 다른 사정들과 함께 보조금이 일부 그 목적대로 집행된 사정을 감안하여 취소의 범위를 결정하여야 할 것이다(대법원 1986. 12. 9. 선고 86누276 판결 참조).
원심이 확정한 사실에 의하면, 의료법인으로서 남녀고용평등법 및 영유아보육법 소정의 직장보육시설 의무설치사업자가 아닌 원고는 1998. 9. 28.부터 1998. 12. 29.까지 사이에 "보조금으로 건립한 보육시설, 기타 부대시설을 그 준공일로부터 10년간은 노동부장관의 승인 없이 국고보조금 교부목적에 위배되는 용도에 사용하거나 양도, 교환, 대여 또는 담보에 제공할 수 없다."는 내용이 포함된 설립운영지침의 규정을 준수할 것을 조건으로 직장보육시설 보조금 205,380,000원을 교부받아, 여기에 자기 부담금 67,918,000원을 보태서 직장보육시설을 건축·설치하고, 1999. 3. 2. '인화어린이집'이라는 이름의 보육시설 설립인가를 받아 이를 운영하여 오다가 피고로부터 그 운영비의 일부를 별도로 보조받고도 매달 130만 원의 적자가 발생하고 의약분업으로 원고 병원 내에 있는 약국을 폐쇄하는 바람에 환자가 감소하는 등 경영상 어려움을 겪게 되자, 피고와 사전 상의 없이 2000. 8. 20. 임의로 보육시설이 포함된 판시 건물을 최○섭에게 매도하고 2000. 10. 7. 그 소유권이전등기를 경료해 준 다음 최○섭으로부터 보육시설을 임차하여 2001. 10. 4.경까지 인화어린이집을 운영하여 왔다는 것이다.
그렇다면 비록 원고의 위와 같은 처분제한 조건 위반이 국고보조사업의 계속성과 안정성을 해하였고, 원고가 보육시설의 건축자금인 직장보육시설 보조금 외에 운영자금을 별도로 지급받았으며, 보육시설을 설치·운영하는 사업자인 원고는 그 운영자금의 50%를 부담하여야 할 뿐만 아니라, 사업자가 보육시설을 설치·운영하는 경우 반드시 흑자경영을 예상하여 하는 것이 아닌 점 등 원심이 든 여러 사정들을 참작한다고 하더라도, 피고가 이 사건 보조금교부결정 전부를 취소한 것은, 원고가 교부받은 직장보육시설 보조금의 일부가 정상적으로 집행되었다고 볼 수 있는 사정 등을 제대로 감안하지 아니한 것이어서 재량권의 한계를 일탈·남용한 것으로 위법하다고 할 것이다.
그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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